La FAO a une position ambiguë vis-à-vis des innovations biotechnologiques. Elle n’a jamais réussi à vraiment trancher ce débat. Elle cherche surtout à éviter que la fracture biotechnologique ne croisse entre les pays riches et les pays en voie de développement. Elle évoque rarement les plantes génétiquement modifiées (PGM) en tant que telles, mais les range dans une catégorie plus large, les biotechnologies, rendant son discours difficilement audible. A cela, il faut ajouter une prise de position récente en faveur de l’agro-écologie. Par là, elle entend une agriculture qui préfère respecter les cycles de la nature plutôt que d’utiliser des intrants chimiques.
Autre point important à noter : la FAO a bien conscience que la faim dans le monde n’est pas qu’une question technique. Elle soutient une vision politique et sociale de la faim : « Pour parvenir à la sécurité alimentaire, il faut en aborder les différents aspects (disponibilité, accessibilité, stabilité et utilisation des aliments) de manière appropriée.[...] Eu égard à la complexité de la tâche, les progrès réalisés dépendront de l’existence de systèmes de gouvernance efficaces et de la participation d’acteurs nombreux dans tous les secteurs. […] L’augmentation et volatilité des prix alimentaires, la dégradation des ressources naturelles, la mondialisation, l’urbanisation et le changement climatique ne sont que quelques exemples des grands problèmes rencontrés aujourd’hui dans le domaine de la sécurité alimentaire [...]} ».
Même si cette instance ne détermine pas directement des politiques en matière d’agriculture, elle garde néanmoins une influence non négligeable auprès des États de par l’information qu’elle leur apporte et son aura onusienne. Le fait de ménager en permanence la chèvre (biologique !) et le chou (transgénique !) montre la force des lobbies qui s’exercent dans son enceinte.
La FAO a créé avec l’OMS la Commission du Codex alimentarius (cf. En quoi l’OMC intervient dans le dossier des OGM ?).
Plus récemment, la Conférence de la FAO (Résolution 3/2001) a adopté le Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture (TIRPAA) en novembre 2001 (cf. Lutte contre la biopiraterie : le Protocole de Nagoya et le TIRPAA).
