Le protocole de Cartagena s’applique aux organismes vivants modifiés (OVM), entendus comme « tout organisme vivant possédant une combinaison de matériel génétique inédite obtenue par recours à la biotechnologie moderne ». La définition permet donc d’exclure tout ce qui relève du produit dérivé, manufacturé ou transformé de telle façon qu’il ne puisse plus se reproduire : par exemple, le grain de maïs transgénique est un OVM, mais pas la farine de maïs.