Mais ces données et les explications fournies par l’auteur sont d’ores et déjà contestées. Pour PG Economics (2), un cabinet de conseil anglais plutôt favorable à l’utilisation des plantes transgéniques, un des défauts de l’étude de Benbrook est que ce dernier a extrapolé les chiffres du ministère de l’agriculture, ce dernier fournissant des chiffres établis en 2007 pour le coton, 2006 pour le soja et 2005 pour le maïs. En conséquence, PG Economics a utilisé les données fournies par le cabinet d’études privés DMR Kynetecs et, selon PG Economics, Benbrook aurait surestimé de 28 000 tonnes environ les quantités d’herbicides utiliées entre 1998 et 2008 sur les cultures de maïs, coton et soja. Dans le détail, PG Economics annonce qu’effectivement, les quantités d’hebicides utilisées sur les culture de soja GM ont augmenté entre 1996 et 2008 de 10 à 15%, tout comme pour le coton avec une augmentation de 18 à 22%. Le maïs a par contre connu une diminution de 8 à 12%. PG Economics relève donc un défaut de méthode du côté de Charles benbrook mais pour autant, confirme qualitativement le constat effectué concernant les quantités d’herbicides tout en soulignant des différences quantitatives. Une autre réaction, celle de l’Organisation des Entreprises de Biotechnologie (OEB). Dans un communiqué [2] publié le jour même de la sortie du rapport de Charles Benbrook sur le site internet de l’OEB, Sharon Bomer Lauristen, Vice Présidente, annonce une réduction de l’utilisation des pesticides de 358 338 tonnes depuis 1997, .... réduction qui concerne l’ensemble des surfaces   cultivées avec des OGM dans le monde. Pour Charles Benbrook, les chiffres donnés concernent les cultures de maïs, soja et coton aux Etats-Unis. Si indirectement, l’OEB met en doute le travail de Charles Benbrook , convenons que fournir un chiffre planétaire pour l’ensemble des PGM semble encore moins vérifiable, si ce n’est discutable.

Le combat sur ces chiffres et ses implications est donc important puisque derrière les variations à la hausse ou à la baisse des quantités d’herbicides utilisées se cachent la quantité d’essence utilisée pour épandre ces herbicides. Moins d’herbicides peut impliquer moins de passages de tracteur et moins d’essence utilisée, et donc une participation des PGM à la lutte contre le changement climatique. Des données inverses viendraient donc contredire la rhétorique existant actuellement dans ce domaine comme nous l’expliquerons dans un dossier à paraître en janvier 2010. Il convient de souligner que ces analyses sont disponibles cette année pour la dernière fois, puisque fin 2008, le ministère états-unien à l’agriculture justement, a annoncé la réduction puis l’arrêt de certaines de ses activités dont celle chiffrant l’utilisation de pesticides sur les cultures de coton, maïs, soja et blé [3]. Cette décision avait à l’époque fait réagir négativement beaucoup d’organisations, des associations de défense de l’environnement pour lesquelles il s’agit de la seule source de données nationales, aux entreprises qui y voyaient un moyen de ne pas être exposées « aux revendications d’un grand nombre de parties risquant de leur réclamer des comptes pour l’usage de pesticides sur les récoltes » comme l’expliquait alors Charles Benbrook.